مرکز آموزش تخصصی فلسفه اسلامی حوزه علمیه قم، یکی از چندین مرکز تخصصی سطوح عالی این نهاد مقدس است. با توجه به اقتضائات زمان و گستره علوم دینی و همچنین تعمیق نیازهای بشر امروز، حوزه علمیه قم به عنوان پرچم دار فکری نهضت اسلامی در ایران، در کنار دروس رسمی حوزه علمیه در سطوح عالی و خارج، که شامل فقه و اصول و کلام و فلسفه و … است، اقدام به تاسیس مراکزی برای ژرف اندیشی و تربیت زبدگان آموزشی و تربیتی در موضوعات مختلف کرد. مراکز تخصصی فقه و اصول، موسسات تخصصی کلام و تاریخ و …. .
از جمله این مراکز مرکز تخصصی آموزش فلسفه اسلامی حوزه علمیه قم است. پس از تأکیدات مقام معظم رهبری (دام ظله) و در پی تصویب شورای عالی حوزه های علمیه،این مرکز در سال ۱۳۸۲ هجری شمسی تاسیس شد. برای تاسیس این مرکز، مدیر وقت حوزه های علمیه آیت الله حسینی بوشهری، از یک مجتهد فیلسوف به نام آیت الله غلامرضا فیاضی برای مدیریت این مرکز دعوت به عمل آورد.